Formado en composición y orquestación por maestros como Rodolfo Norambuena, José Miguel Candela, Óscar Carmona y el guitarrista avant-garde Ramiro Molina, el músico tuvo además un adiestramiento en la guitarra jazzística con Jorge Díaz, hecho que lo vinculó con estos circuitos musicales, aunque desde la academia. Además de escribir piezas funcionales y música incidental para cine, danza y video, inició una serie de proyectos creativos con el propósito de dejar registro de estos alcances. En 2008 escribió música para su Octeto Jazz Ensamble, con los solistas como Elqui Espinoza (flauta), Benjamín Vergara (trompeta), David Espinoza (saxo alto), Luis García (saxo tenor), Héctor Beldar (trombón), Sebastián Prado (guitarra), Rodrigo Espinoza (contrabajo) y Cristóbal Tobar (batería).

En 2009, Emilio Bascuñán se reunió con Gerhard Mornhinweg, entonces director de la Projazz Big Band, para dar curso al estreno en un concierto de su carpeta de composiciones de corte swing titulada Repertorio chileno para big band, proyecto que repetiría entonces en 2010 bajo el rótulo Repertorio chileno para big bands infantiles y juveniles, y que se convirtió en el disco XXI (2014), con la Conchalí Big Band como soporte. Más tarde volvería a escribir un repertorio para big band, dedicado a la Mapocho Orquesta, dirigida por el ex Conchalí Big Band Andrés Pérez, editado en el disco Viaje al interior (2017), así como material de arreglos para el disco Ser ahí (2017), de la cantante de jazz y fusión Nicole Nietzschmann.

Más adelante fue un artífice del regreso de la propia Conchalí Big Band al disco, con otra carpeta de composiciones que escribió y que si bien estaban destinadas inicialmente a la Mapocho Orquesta, se redireccionaron a esta agrupación de músicos adolescentes que entonces llevaban un año detenidos, por efectos del estallido social de 2019 y la pandemia de 2020. Bascuñán orquestó la música y dirigió a la big band en las sesiones para Kinich ahau (2021). Poco después apareció con un nuevo proyecto orquestal, ahora al frente del ensamble de percusiones y vientos Zenit Collective, que surgió ese mismo año y publicó su álbum Alma con otras composiciones de su autoría.