Magnolia nació en el verano de 2000 en el antiguo pub serenense Croata, ciudad natal de los hermanos Jorge Araya (n. 1974) y el baterista Claudio Araya (n. 1975, no confundir con el líder del grupo Huara), junto al bajista Freddy Muñoz (n. 1977) y al percusionista Boris Vega. El grupo funcionó como cuarteto desde 2001 pero una vez instalado en Santiago en 2004 desestimó la utilización de percusiones y siguió la línea del trío eléctrico, cuya música estuvo basada en temáticas existenciales y sexuales.

La banda tocó en circuitos de blues y rock duro en la capital y coincidió en escenarios con Los Jaivas, el Ángel Parra Trío, el guitarrista argentino del grupo Almendra, Edelmiro Molinari, y el rockero sureño Feliciano Saldías. El trío editó los discos Magnolia (2004), con musicalizaciones de textos de Gabriela Mistral (“Helechos”), y Cien años después (2007), con una canción dedicada a Víctor Jara (“Como enredadera al sol”).

Los alcances de ese trabajo posibilitaron el viaje de Magnolia a Buenos Aires, para presentarse en el club Mr. Jones, considerados uno de los escenarios bluseros fundamentales en Argentina. Ese concierto, que tuvo ocmo invitados a los trasandinos Memphis La Blusera, el guitarrista Jousé Marchi, el saxofonistsa Giuseppe  Giuseppe Puopolo y el armonicista chileno Gonzalo Araya, se convirtió en el cuatro disco de Magnolia, que llevó el título genérico de Magnolia en vivo en Buenos Aires (2008).

Para 2011, el grupo estaba involucrado con mayor profundidad con la música de raíz diaguita, etnia aborigen de la zona donde se fundó el grupo. Magnolia ingresó otra vez al estudio para grabar su cuarto trabajo, que incluyó ritmos originarios y flautones de chino en la composición "El pulsar de la tierra", propuesta que mutaría en un álbum conceptual del mismo nombre, en 2012, y que presentó una nueva formación de trío tras la salida de Freddy Muñoz.